智商部分遗传的说法引来了强烈的批评。有人认为智商作为一种测验方法是不公平的，带有明显的文化偏见。有人反对双胞胎研究法，他们注意到，分开抚养的同卵双胞胎常常被环境相似的家庭所收养。比如，斯捷潘·切奇对一些同卵双胞胎的数据重新进行了分析，把相似环境下成长起来的双胞胎（两人同被城市家庭或农村家庭哺养）与在不同环境条件下成长起来的双胞胎（一个被农村家庭哺养，另一个被城市家庭哺养）分别开来。结果发现，不同环境条件下成长起来的双胞胎智商一致率仅为27。因此，双胞胎分开抚养法并不能像所宣称的那样干净利索地把遗传现象和环境条件分离开来。
切奇还提出一个重要论点：得以遗传的可能不是智商，而是诸如气质之类的其他因素，而后这种因素再与环境相互作用，从而对智商发生影响。比如，假如孩子生来爱动，性情烦躁，上课很难注意听讲，那么这孩子就会智商不高，因为他无法集中注意力，因而也就无法获取知识。这说明得以遗传的是气质，而不是智商。从实际遗传到最终智商得分的道路未必是一条直路。
在总结行为遗传学方面的研究成果时，我们还很可能陷入肤浅的机械论的泥淖，认为研究对象间有必然的因果关系。从遗传学的角度我们只能知道一组被试者的遗传差异和某一时间所测特定特征的差异之相关程度。如果智商的遗传率为50，这仅说明该组被试者智商差异的百分之五十和遗传差异相关。这个数字不能说明任何个人的具体情况，因为这是团体测验。这个数字也不能解释为智商一半受遗传影响，一半受环境影响。由于发育一贯是基因与环境联合作用的结果，因而我们不能用简单相加的方式把基因与环境割裂开来。基因是发育系统的一部分，因而在发育过程中容易受到各个层面的影响。但请注意，我们谈论各种因素相互作用带来的结果时所采取的方式实际上也可以受到同种批评。例如，如果我们发现教育和种族因素在预计个人收入时是相互作用的，我们很容易采取简单相加的办法，大谈每种变量预计可获得多少收入。我们应当既注意表达方式，又不能抛弃分析结果。
特征的高遗传率并不意味着该特征永恒不变。从来没有人表现出其能力遗传效果强的不受环境制约，既不增强，也不削弱。比如，身高虽然是遗传性的，但还要受营养条件的影响。我们还应注意能力的先天差异肯定会对环境的影响程度及种类起到一定程度的限制作用。我们前面介绍过以火车为题材画了很多画的查尔斯。因为原本没有多少天分，后天的训练没有使他取得长足进步。
对行为遗传说的批评等于是对我们谈论研究结果的方式的批评。我们不应断言有些能力是遗传的结果，其他能力都是环境造成的。我们不应把基因和环境的作用割裂开来或简单相加。我们必须牢记，遗传说只向我们阐明了人际差异与其基因差异的相关程度。不过，我们已经进行过不少精心设计的双胞胎研究，证明智力，甚至还有个性，都有很高的遗传性。置这些研究于不顾，一味断定基因与智力或个性毫无联系，也是愚蠢的。目前最引人注目的发现之一是，智力的遗传性随年龄的增加而增高，这一发现简单地从环境的观点来解释是行不通的。
如果说基因对智力有影响，那么它可能对天赋的其他形式也有影响（当然尚待进一步证明）。如果真是这样的话，天才儿童的大脑就有可能与常人的不同。
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